Im 15. Jahrhundert begann die Geschichte der Kapelle: Erst war sie katholisch, während der Reformation wurde sie evangelisch und danach wieder katholisch. Eine Zeit lang wurde sie gar nicht genutzt, und so fragte im Jahr 1870 die Israelitische Kultusgemeinde beim Magistrat nach, ob sie das Gebäude als Synagoge nutzen dürfte. Das wurde genehmigt und die Kapelle wurde zur Synagoge umgebaut.
Als die Nationalsozialisten an die Macht kamen, wurde der jüdischen Gemeinde 1932 die Nutzungserlaubnis entzogen. Die Thorarollen und viele Kultusgegenstände wurden zerstört, doch es gibt auch heute noch Spuren aus der Zeit der Synagoge, weiß Pfarrer Hans-Jürgen Pöschl von der altkatholischen Gemeinde in Oberfranken, an die die Kapelle derzeit vermietet ist:
"Am auffälligsten ist die hebräische Inschrift über dem Eingang: 'Das ist das Tor zu Gott', ein Zitat aus dem Psalm 118."
Heute ist St. Nikolaus ein Ort der Ökuemene, der Begegnung zwischen christlichen Konfessionen und anderen Religionen.
