Johanna Haberer wurde 1956 in München geboren und studierte Germanistik, Theaterwissenschaft und Theologie. Nach ihrer ersten Pfarrstelle in Schongau/Oberbayern arbeitete sie u.a. als Rundfunkbeauftragte der ELKB, als Redakteurin bei der Ev. Filmgesellschaft EIKON, als Chefredakteurin des Sonntagsblatts und als Rundfunkbeauftragte des Rates der EKD.
Von 2001 bis Juli 2022 war Johanna Haberer Professorin für Christliche Publizistik an der Theologischen Fakultät der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg. Die Theologin war von 2002 bis 2006 Sprecherin des "Wortes zum Sonntag". Sie ist unter anderem auch Mitherausgeberin von Publik-Forum - Zeitung kritischer Christen. Johanna Haberer hat eine Tochter.